Eski Ermeni Kilisesi’nin tarihi incelendiğin de Abdülaziz tarafından Çanakkaleli Ermeni halk için yaptırıldığı bilinmektedir. Yapım tarihi 1873 yılıdır. Ermenilerin Çanakkale’den göç etmeleri üzerine atıl duruma düşen kilise; 1934 yılında Çanakkale Arkeoloji Müzesi olarak kullanılmıştır. Bu görevini 1984 yılına kadar sürdüren yapı daha sonra Kültür Bakanlığı tarafından restore edilerek Namık Kemal Tiyatro salonu olarak görev yapmaya başlamıştır. Tiyatro salonu görevini ise 1997 yılına kadar icra eden yapı daha sonra yeni bir restorasyon çalışmasına tabi tutulmuştur. 1997 yılında yapılan restorasyon çalışması esnasında kilisenin orijinal haçı ve kitabesi bulunmuştur. 2000 yılına gelindiğinde ise yapı bu kez Çanakkale Etnografya Müzesi olarak düzenlenmiştir. Ancak yapılan tüm restorasyon çalışmaları ve düzenlemenin ardından kullanılmamış; 2005 yılında Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi’ne tahsis edilmiştir.
Eski Ermeni Kilisesi’nin mimari özellikleri incelendiğin de dikdörtgen planlı olduğu görülmektedir. Ön cephesi kesme taşlardan inşa edilmiştir. Yapının geri kalan kısımları ise moloz taşlar ile tamamlanmıştır. Kiremit çatılıdır ve çatının ön cephesin de dikdörtgen çan penceresi bulunmaktadır. Giriş kapısının üst kısmı taş işçiliği ile taç biçiminde bezenmiştir. Kapısı her iki yanında sivri sütunlar yer almaktadır. Ön cephesinde toplamda dört adet sivri kemerli penceresi bulunmaktadır.
Eski Ermeni Kilisesi günümüz de Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi’ndeki görevine devam etmekte; sergi, gösteri ve diğer birçok organizasyon için kullanılmaktadır.
